Pendidikan di kelas transisi ini ditujukan untuk anak yang memerlukan layanan khusus termasuk anak autis yang telah diterapi secara terpadu dan terstruktur. Program kelas transisi bertujuan membantu anak autis dalam mempersiapkan transisi ke bentuk layanan pendidikan lanjutan. Dalam kelas transisi kan digali dan dikembangkan kemampuan, potensi, dan minat anak, sehingga akan terlihat gambaran yang jelas mengenai tingkat kelemahan dan keunggulan anak, yang merupakan karakteristik spesifik dari tiap-tiap individu. Berdasarkan karakteristik dan tingkat kemajuan anak yang dicapai dalam program sebelumnya, dapat dibuat rencana pendidikan lanjutan yang paling sesuai. Kelas transisi merupakan titik acuan dalam pemilihan bentuk pendidikan selanjutnya. Kelas transisi dapat pula merupakan kelas persiapan dan pengenalan akan pengajaran dengan menggunakan acuan kurikulum SD yang berlaku yang telah dimodifikasi sesuai dengan kebutuhanya. Prasyarat umum anak masuk kelas transisi yaitu:

a.    anak autis sudah pernah menjalani terapi intervensi dini,

b.    karakteristik anak: tidak mendistraksi teman lain dan tidak terdistraksi oleh adanya teman lain,

c.    diperlukan guru dan terapis yang terlatih, sesuai dengan keperluan anak didik,

d.    kurikulum masing-masing dibuat melalui pengkajian oleh satu team dari berbagai bidang.

Kelas transisi di Pusat Layanan Autis dilaksanakan setiap hari, dan terbagi ke dalam dua kelas, yaitu transisi dan kelas vokasional. Pelaksanaan kelas transisi di Pusat Layanan Autis DIY dari jam 08.00 samapi jam 12.00 WIB. Ada 9 anak dalam kelas transisi ini, dan diampu oleh dua guru khusus autis.